Les Romains ont donné à ce Parc le nom de "Monfragum" (Montagne Fragoso), mais déjà a été habités dans des siècles précédents par les préromains, lesquels ont rendu compte de son pas par cette zone dans divers restes d'enterrements. Cependant, on a certitude de règlements qui remontent à l'époque préhistorique. Essais de cela nous les trouvons dans la grotte située près du Château, où on peut observer des peintures rupestres et des sillages funéraires de l'âge de Bronze. Les musulmans ont aussi occupé cette zone, en changeant sa désignation, à à laquelle sont mis à appeler "A le Monfrag".

Les musulmans laissent à son pas celui qui est aujourd'hui une les éléments les plus représentatifs et les connaissances du parc, le Château de Monfragüe. Aussi, les différents rois qui occupent postérieurement ce territoire ont été progressivement en rendant compte de leur présence. Les rois de Léon ont laissé la zone entre les mains de l'Ordre Santiago, qui sera celle qui lève l'ermitage pour garder l'image de Notre dame de la Montagne Gandío pendant le règne Felipe II. Du règne de Sancho IV, on conserve le Pont du Cardinal, qui comme son nom indique, il a été envoyé construire par le Cardinal Juan de Cardinal, dans 1450. Dans les premiers siècles du règne de la Maison de Bourbon, on a renforcé la surveillance sur la route commerciale qui traversait avec aide de caravanes la rivière Coupe et qui par celui-là unissait alors Trujillo avec Plasencia. Ça a été le ce le motif ce pourquoi le siècle XVIII on fonde Villareal de San Carlos, actuellement un des centres d'information du parc.

Comme dernier fait clairement déterminant nous ne pouvons pas cesser de mentionner la création durant les années 60 des prisonniers Alcántara et de Torrejón, ce qui a fait disparaître une grande quantité d'espèces animales et végétales en rapport avec les zones de Crique. En 1979, le 4 avril, Monfragüe est déclaré concrètement Parc Naturel et en 1988 Zones de Spéciale Protection d'Oiseaux.

En 2006 il a été, enfin, déclaré Parc National.